Файл .cer - это безобидный файл открытого ключа сертификата, он необходим для регистрации на площадке спецоператора (через которого происходит отправка отчетности) и необходима для внутренней информации в личном кабинете, что по организации или ИП есть КЭП, ФИО владельца, срок действия КЭП (Личный кабинет - Организации - КЭП).